De formation classique (piano, flûte-à-bec), Christophe Deslignes découvre l'orgue portatif au début de ses études de musique médiévale à la Schola Cantorum de Bâle. Il obtient le diplôme de concertiste soliste en musique médiévale et renaissance en 1995. S'inspirant, entre autres, du bandonéon d'Astor Piazzolla, il recrée, en autodidacte, les modes de jeux de cet instrument oublié. Christophe joue de l'orgue portatif et de l'orgue avec Mala Punica de 1992 à 1998, participant au succès international de l'ensemble à travers l'enregistrement de 5 CDs salués par le public et récompensés par la critique. En 1998, il rend hommage à Francesco Landini (1325-1397) en réalisant pour le label Ricercar, un disque récital intitulé "Les Maîtres de l'organetto florentin au XIV siècle", qui sera désigné disque de l'année 1998 par le quotidien "Le Monde". Cofondateur du collectif Millenarium, il a dirigé deux grandes productions, Officium lusorum (une messe des fous) et le Livre Vermeil de Montserrat, réunissant, Le Choeur de Chambre de Namur, Psallentes, la Maîtrise des Pastoureaux et Millenarium. Il se spécialise dans le récital d'organetto solo et donne des cocnerts dans toute l'Europe. 

Sa discographie comprend 50 enregistrements entre autres pour les labels Ricercar, Arcana, Erato, Jade, Carpe Diem, MA-Recordings, Paraty.

Christophe Deslignes participe à différents projets d'animations musicales en milieux spécialisés, en particuliers à l'Institut Curie à Paris, dans les services de Pédiatrie et Néonatalogie de l'Hôpital de Vannes, ainsi qu'en milieu scolaire de la Maternelle au Lycée.